军务部三曹的设置不变。
从上次同舟社大改组至今的运行情况看，兵曹、战曹职能发挥较好，基本发挥了应有的作用，暂时不作调整。
宪曹主司教化之职，因社务部已有教曹，乃改其名为政曹。
政者，政治、权柄、政令之义。
徐泽并没有明确宪曹改名的原因，但由“宪”变“政”，足以让众人明白军务部三曹“两大一小”的局面已经改变。
如此以来，兵曹掌管军队征集、编制、军械、训练、戎马之政令以及军事科研、武将选用、官兵薪给等事务，地位略高于战曹和政曹，是纯粹的“机关”，没有实际军事指挥权。
战曹掌管兵防、边备、作战、兵要地志等事务，掌军机之要，战曹指导下的各参军协助掌兵官打仗，事务繁重，但没有军事决策权。
政曹原本的军纪、军行、军法之职由其下的宪司履行，主业改为军中教化，但不干涉行军打仗，却能对兵曹和战曹履职情况进行监督。
军务部之下，原本的登州、辽东、海东三个军区全部撤销。
辽东置巡抚衙门，赵遹为首任辽东巡抚使。
“巡抚”一职并非起于原本历史线上的明、清两朝，实际上此职早已有之。
南北朝时，北魏骁将来大千随太武帝北伐，大败柔然之后，太武帝以其多有战功且熟悉北境险要，遂诏大千“巡抚六镇，以防寇虏”，但此“巡抚”并非正式职官。
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